二代测序(NGS)又称为高通量测序,是基于PCR和基因芯片发展而来的DNA测序技术,该技术用于确定整个基因组或DNA或RNA目标区域中核苷酸的序列。建库测序是指在待测片段两端加上用于测序的接头 (含有 index,barcode,测序引物结合序列等),然后通过测序仪测序的过程。靶向测序是将目的基因或目的区域捕获出来后测序,主要方法有杂交捕获和多重PCR两种。
百力格NGS优势
★ 接头,blocker捕获探针panel可以定制+设计,解决市面通用的接头,blocker,成品panel不能满足项目需要的痛点。
★ 提供靶向捕获测序一整套原料试剂:捕获探针设计、捕获探针/多重PCR引物合成、建库试剂、杂交捕获试剂捕获。解决NGS原料由多家供应商采购导致的试剂不兼容问题。
★ 百力格除了提供一整套原料试剂、还可根据客户需求定制生信分析方法/流程。
★ 百力格NGS整体解决方案支持illumina和MGI两种测序平台。
NGS服务选择
捕获探针panel设计
客户提供bed文件或者fasta格式文件,百力格可以根据客户需求定制化设计。
探针设计一般参数过滤:gc、mask、Tm
Blast映射过滤:使用Blast 工具将所有baits 回贴至基因组,并且将比对结果进行归类,将探针按照特异性高到低分为green,yellow,black,最终去掉black 探针。
捕获探针定制化合成
根据序列合成长度80-120nt的生物素修饰捕获探针。
服务优势:
1. 保密性:信息管理系统确保客户序列信息的保密;
2. 高效率:采用高通量合成平台结合自动化纯化分装,确保快速交付;
3. 定制化:根据客户研究需求自由组合靶向基因,支持多样本混合捕获;
4. 精准合成:超过99.6%的化学耦合率,低频突变并且每条探针都经过质谱检测。
多重PCR引物合成
服务优势:
1. 全自动自动定量分装工作站,定量分装均一;
2. 高质量的生产工艺和QC方法,确保多重PCR的扩增效率。
NGS文库构建
对于illumina/MGI文库构建,百力格提供三种建库试剂盒选择,分别是:
1. 酶切建库试剂盒(一步法酶切打断建库,搭配illumina/MGI接头快速构建illumina/MGI文库);
2. 通用建库试剂盒(针对机械打断样品或者无需打断的cfDNA等,建库效率高,一步法快速构建文库,搭配illumina/MGI接头快速构建illumina/MGI文库);
3. ssDNA文库构建试剂盒(针对单链DNA、双链DNA以及单链DNA与双链DNA混合样本进行建库,可将低至10 pg样本进行超低起始量建库,建库效率高,支持构建illumina/MGI文库)。
百力格开发了针对illumina/MGI平台的全长UDI接头、截短型stubby接头、UMI接头,搭配建库试剂盒使用,轻松获得高质量的测序文库。
接头定制化合成
百力格可以根据客户需求定向研发和生产不同要求的接头序列,包括短接头、全长接头、不同污染率要求、适用于不同建库标准的专用接头等。
合成优势:
1. 定制化合成服务和分装要求;
2. 三个级别防污染工业化生产平台满足不同防污染需求;
3. 针对NGS优化的低碱基错误率合成工艺保证接头的连接效率与数据拆分率;
4. 独有的退火体系及退火效率检测方法,可退火成品交付,有效降低操作污染。
杂交捕获技术
杂交捕获是一种靶向目标富集方法,针对目标基因设计捕获探针,捕获富集出高价值的目标基因序列进行测序,显著提高目标区域的测序深度,通过生物信息学分析,得到目标基因的变异信息。
百力格液相杂交捕获系统由80-120 nt的DNA探针和杂交捕获配套洗液组成,结合自主研发的探针设计算法、合成制备技术与快速杂交模式可以确保探针稳定性强、纯度高、质量稳定,从而获得卓越的捕获效率和均一性。
✔ DNA探针制备组合技术可以满足灵活的Panel区域后期增加需求
✔ 杂交捕获试剂盒可以通配illumina和MGI测序平台文库
产品优势:
1. 适配快速杂交模式:可以进行常规的16~24 h杂交,也可将杂交时间缩短至0.5~4 h;
2. 支持1-12多杂,性能稳定,数据产出均一;
3. 样本兼容性广:适用于石蜡切片、组织、白细胞、cfDNA、胸腹水等各类型样本检测;
4. 自主研发的通用封闭序列可以封闭6-10 nt单双端index的文库接头;
5. 多平台匹配:适配MGI单index、双index文库、illumina文库。
使用百力格文库构建试剂盒构建出预文库,结合百力格杂交捕获试剂,即可进行高质量的靶向捕获测序。
杂交捕获技术特点:
1 大小panel都适用;
2 相对多重PCR来说,均一性好,特异性差;
3 数据量需求略大;
4 步骤多,过程产生不同程度的DNA损失,降低了样本利用率,增加污染的风险;
5 可以检测SNP、InDel,CNV,SV,Fusion、Virus等已知或未知区域;
6 探针对错配的容忍度高,可以使用A物种的参考基因组为近缘的B物种设计探针;
7 捕获法是基于接头连接的方式构建文库,理论上可以容忍的DNA片段长度比扩增法要短(如40-60 bp古DNA);
8 适合甲基化相关的目标富集建库;
9 探针捕获适合大范围的寻找可能的致病源,如罕见病检测。
封闭剂定制化合成
百力格可以根据客户需求针对不同测序平台,不同接头类型(如TruSeq,Nextera),不同长度或带UMI接头提供定制化封闭剂合成。
✔ 独特的序列修饰确保高封阻效率
✔ 提供干粉/液体与不同分装规格等交付形式
百力格与不同公司封闭剂捕获效率对比图
百力格>Brand N>Brand i