杂交捕获是一种靶向目标富集方法,该方法通过针对目标基因设计捕获探针,捕获富集出高价值的目标基因序列进行测序,提高目标区域的测序深度。通过生物信息学分析,得到目标基因的变异信息,广泛应用于遗传病筛查和肿瘤检测等领域。
百力格工业化合成平台可以生产用于解决高通量测序、靶向测序等需求的高质量捕获探针,也可以根据客户需求提供定制化设计服务,捕获效率更高。
捕获探针panel设计
1. 质量验证(肿瘤5基因KRAS、ALK、ROS1、EGFR、BRAF,与竞品对照)
数量:Baits数量相差不大,主要是对困难区域
覆盖度:BLG 覆盖度:99.9%;竞品覆盖度:99.0%
质量:GC 分布相较于竞品更集中;mask 指数分布相当
2. 设计策略与结果输出
探针一般参数过滤:
gc、mask、Tm等
Blast映射过滤:
使用Blast 工具将所有baits 回贴至基因组,并且将比对结果进行归类,根据回贴至基因组比对到的个数将探针分为green,yellow,black
设计策略:
1. 高特异性:只保留特意性高的green探针,去掉yellow和black探针(建议选择)
2. 均衡特异性与覆盖度:保留特意性高的green探针和特异性中等的yellow探针,去掉特异性差的black探针
panel调整策略:
某些区域的覆盖度相对较低:增加该区域的探针含量/针对这部分区域额外设计探针加到原panel
3. 实验验证
raw data | Capture efficiency | Mean depth | dup% | Chimeras rate | fold_80 | 0.20*mean | 1X | 10X | 100X | |
肿瘤5基因-竞品I设计 | 1.157 | 62.44% | 6275.15 | 36.47% | 2.55% | 1.31 | 98.11% | 99.70% | 99.34% | 99.07% |
肿瘤5基因-BLG v2设计 | 1.157 | 70.33% | 7205.494 | 33.99% | 2.39% | 1.24 | 98.26% | 100.00% | 99.82% | 99.13% |
肿瘤5基因:KRAS、ALK、ROS1、EGFR、BRAF(CDS区)
服务优势
1. 高效率:采用高通量合成平台结合自动化纯化分装,确保快速交付;
2. 保密性:信息管理系统保证对客户序列信息的保密;
3. 定制化:根据客户研究需求自由组合靶向基因,支持多样本混合捕获;
4. 精确合成:超过99.6%的化学耦合率,低频突变并且每条探针都经过100%质谱检测。
(常规合成碱基错误率在1/1,000左右,特殊合成可以提升到1/100,000以下的错误率。)
服务详情
服务 | 碱基长度 | 规格 | 纯化方式 | 交付标准 |
捕获探针 | 80-120 nt | 500 pmol 定制 | 定制 | 单管/96孔板 干粉/液体 |
*捕获探针产品按条收费