除了Taqman探针外，分子信标也广泛应用于探针设计中。

分子信标是可形成发夹结构的寡核苷酸探针，5’端标记荧光基团，3’端标记淬灭基团（Dabcyl），探针环的碱基与目的基因的碱基互补，环两端为碱基互补的茎。没有靶分子的时候，分子信标的荧光和淬灭基团靠得很近，荧光被淬灭。当探针与靶序列结合时，报告基团和淬灭基团分开，发出荧光信号。特殊的发夹结构使分子信标具有超强的特异性识别靶标序列的能力。所以在临床诊断、基因检测、环境监测、活细胞成像、基因芯片与生物传感等方面得到了广泛应用。