探针设计的关键在于荧光基团与淬灭基团的选择：

a. 根据荧光定量PCR仪选择适配的荧光基团；

b. 根据荧光基团的种类选择合适的淬灭基团进行搭配。

Taqman探针包括四种可选择的淬灭基团：BHQ系列、MGB、TAMRA和Eclipse。

BHQ系列

BHQ系列包括BHQ-0（430-520 nm）、BHQ-1（480-580 nm）、BHQ-2（550-650 nm）、BHQ-3（620-730 nm），组合起来的四种BHQ染料吸收光谱覆盖430 nm-近红外，荧光波长落在此范围内的所有报告基团都可以被淬灭，适用于多重qPCR。

BHQ淬灭剂就像一个黑洞，本身不产生荧光，并且能够将一定范围内报告基团发出的荧光信号全部吸收，解决qPCR实验体系中光污染的问题，通过降低本底信号提高荧光信号的信噪比。

MGB探针

MGB探针是双标记探针，在TaqMan探针的基础进行优化改进，其中3’端包含一个能够插入DNA小沟的结合物（Minor Groove Binder，MGB），可以增加探针的熔解温度（®提高10℃左右）并稳定探针与靶标的复合物。因此，TaqMan MGB探针明显短于传统探针，并且具有更好的检测特异性。

MGB连接一个不发光的荧光淬灭基团（Non-Fluorescent Quencher, NFQ），通过NFQ基团淬灭另一端荧光报告基团所产生的信号，避免传统淬灭基团产生的背景，荧光本底信号更低，检测灵敏度更好。

TAMRA探针

TAMRA是一种可以用作双标探针及分子信标的3’端和内部淬灭基团（TAMRA-dT）的荧光染料。TAMRA为荧光染料，因为它的荧光特性使淬灭基团和报告基团光谱发生重叠，从而增加背景信号干扰，并且TAMRA探针通常更长（30-40 nt）,不推荐在多重qPCR过程中使用。

Eclipse探针

Eclipse为暗淬灭剂，非荧光染料，其本身不产生荧光，与TAMRA探针相比，本底信号更低，并且Eclipse具有较宽的吸光范围，适用于多重qPCR反应。